Новый музей Акрополя был заложен в Афинах 22 декабря 2007 г., и официально открыт 20 июня 2009 года . Главой организации по созданию Музея стал профессор археологии Фессалоницкого университета Аристотеля Димитриос Пандермалис. Проект музея был выполнен швейцарским архитектором Бернардом Чуме.
?ервый музей Акрополя был сооружен в 1874 году. Множество исследователей сменяли друг друга на протяжении двух веков, и с начала 19 века было обнаружено множество артефактов, количество которых намного превысило предусмотренную емкость существующего здания. Дополнительный стимул для строительства нового музея состоял в том, что Греция начала переговоры с Британским правительством относительно возвращения мраморных скульптур, вывезенных лордом Эльджином. Одним их контраргументов британской стороны было то, что Греция не имеет необходимых условий для экспозиции, а тем более для сохранения древностей. Условие создание галереи для представления мраморных скульптур, которые бы могли быть возвращены Британским музеем, стало ключевым при принятии решения относительно судьбы Нового музея.
Первый конкурс архитекторов проходил еще в 1976 году и был ограничен участием исключительно греческих архитекторов. Впрочем, ни конкурс 1976 года, ни второй конкурс, проведенный в 1979 году, не дал никаких результатов главным образом потому, что земельный участок, предназначенный для планирования конструкции, была признан непригодным.
В 1989 году состоялся третий, на этот раз международный конкурс проектов Нового музея, также на выбор были представлены три земельных участка. Конкурс выиграли итальянские архитекторы Николетти и Пассарелла. После паузы 1990-х годов строительство музея все же было начато. Однако при рытье котлована под фундамент здания, строители натолкнулись на археологические находки, что привело к отмене правительством результатов конкурса в 1999 году.
В четвертом конкурсе не было предложено ни одного проекта, который бы позволил бы не нарушить древних захоронений. Эти условия дорабатывались позже с привлечением греческих и зарубежных специалистов. Наконец, в сотрудничестве с греческим архитектором Михалис Фотиадисом новый план был скорректирован таким образом, что вся конструкция здания должна поддерживаться колоннами над археологическим находками, не повреждая их.
Первоначально открытие музея планировалось к Олимпийским играм 2004 в Афинах. Однако строительство затягивалось. 14 октября 2007 г. строительные работы приблизились к завершению и начались перевозки артефактов из старого музея, расположенного у подножия холма Акрополис в новый музей. Хотя расстояние между новым и старым музеем составила около 400 м, для выполнения операций были задействованы три гигантских крана.