Маркаколь - одно из красивейших озёр в Восточном Казахстане. Озеро питают небольшие речки и ручьи. Вода в Маркаколе очень прозрачная, а его живописные берега изрезаны заливами. Местами они заросли лесом или обрываются скалами, а кое-где покрыты лугами.
Ближе к горам и на их склонах растут высокоствольные лиственницы. Озеро богато рыбой: Ускуч (Ленок), Хариус, Вьюн. Немало здесь и птиц. В прибрежных лугах гнездятся гагары, поганки, утки, чайки и Кулики. В лесах вокруг озера встречаются Рябчики, Тетерева, глухари и куропатки .
Маркаколь известен также тем, что из него вытекает Кальджир, который подобно реке Раздану в Армении на 100-километровом протяжении имеет тысячеметровое падение, обладая гигантской энергией. Над проблемой использования ее уже думают ученые-энергетики.